ファイルのパーミッション変更を無視するようにする場合は
git config core.filemode false
を使用する。
Cygwinをつかっているとき、Windowsからもファイルを操作すると不意にパーミッションが変わってしまったりするので有効。
実行例：
$ git diff
diff --git a/csv2xlsx.sln b/csv2xlsx.sln
old mode 100644
new mode 100755
$ git config core.filemode false
$ git diff